Una settimana dopo l’UNGASS di New York sulle droghe, si sarebbe inaugurata la Conferenza diplomatica di Roma per l’adozione dello statuto della Corte penale internazionale, obiettivo congressuale fissato dal Partito Radicale quasi dieci anni prima - Non c’è Pace senza Giustizia avrebbe accreditato un numero di persone secondo solo ai funzionari delle Nazioni unite. Nell’estate del 1998, Olivier Dupuis, segretario del Partito Radicale, aveva lanciato un appello in decine di lingue per chiedere l’incriminazione di Slobodan Milošević da parte del Tribunale ad hoc per la ex-Jugoslavia (un altro obiettivo congressuale del Partito Radicale divenuto realtà), a ottobre Non c’è Pace senza Giustizia avrebbe organizzato una missione segreta nei Balcani per compilare l’atto d’accusa contro il presidente Jugoslavo. Nel 1998, Nessuno Tocchi Caino avrebbe ripreso le sue attività volte all’adozione di una risoluzione che invitava gli Stati membri delle Nazioni unite a proclamare una moratoria universale delle esecuzioni capitali concentrando le sue azioni sulla Commissione diritti umani di Ginevra che rispose positivamente.
Emma Bonino diventò la Commissaria europea più apprezzata, tanto che l’Economist la elevò a prototipo del rappresentante politico del futuro. L’ex-segretario del Partito Radicale Giovanni Negri lanciò la campagna “Emma for President” per promuovere una candidatura popolare per il Qurinale. All’inizio del 1999 nacque il Comitato radicale per la rivoluzione liberale e gli Stati uniti d’Europa di cui Cappato diventò il coordinatore - da quel comitato nacque l’idea della Lista Bonino per le elezioni europee di quell’anno e l’elaborazione di 20 quesiti referendari “liberali, liberisti e libertari”. Anche se solo 14 parlamentari votarono la Bonino come Presidente della Repubblica, la Commissaria Radicale volò nei sondaggi (e concorse a far eleggere il laico Carlo Azeglio Ciampi contro autorevoli esponenti della partitocrazia), la lista Emma Bonino raccolse l’8,5 percento dei consensi elettorali divenendo il secondo partito in buona parte dell’Italia del nord. I 20 referendum furono presentati in Cassazione il 20 settembre 1999 con una scenografia che ricordava la breccia di Porta Pia. Le oltre 12 milioni di sottoscrizioni furono possibili anche grazie all’alienazione dei gioielli di famiglia (Radio Radicale 2 e Agorà Telematica) vendute nella primavera del 1999 per far fronte agli ingentissimi costi di tre campagne politiche ed elettorali. Nel maggio di quell’anno la Procuratrice Louise Arbour del Tribunale per la ex-Jugoslavia incriminò Milošević per crimini contro l’umanità commessi in Kosovo anche grazie al contributo di Non c’è Pace senza Giustizia che aveva presentato il proprio lavoro al margine della conferenza di pace di Rambouillet.
Nel 2000 la Federazione russa accusò il Partito Radicale di sostegno ai terroristi ceceni e chiese che venisse revocata l’affiliazione che aveva con il Consiglio Economico e Sociale, ECOSOC, dell’ONU. La richiesta russa venne rigettata dalle Nazioni unite due giorni dopo l’uccisione in Georgia del giornalista di Radio Radicale Antonio Russo che raccontava le fasi finali del conflitto in Cecenia. Nel 2001 oltre 300 degar, popoli indigeni degli altopiani centrali vietnamiti, si iscrissero al Partito Radicale e da quell’anno il loro leader, Kok Ksor, avrebbe presto più volte la parola davanti alla Commissione diritti umani dell’ONU. Per questi motivi, nel 2002 il Vietnam chiese all’ECOSOC che il Partito Radicale venisse punito per il sostegno al secessionismo dei montagnard degli altopiani centrali del Vietnam. Come accaduto relativamente alla richiesta russa, nell’ottobre 2004, la plenaria del Consiglio rigettò la richiesta vietnamita dopo due anni di istruttoria.
Dal 2000 si fece sempre più pressante la necessità di un ritorno alla legalità statutaria del Partito che non teneva un vero congresso dal 1995; venne individuata la data della primavera del 2002 per la convocazione del Congresso e fu scelta Ginevra anche in onore delle attività all’ONU. Il congresso vide l’allargarsi della frattura tra Pannella e Olivier Dupuis che fu ricucita, ma solo temporaneamente, grazie alla convocazione di una seconda sessione congressuale a Tirana nel novembre dello stesso anno.
Nel frattempo entrò a far parte degli organi dirigenti del Partito, tra gli altri, Umar Khanbiev, già ministro della salute ceceno negli anni Novanta, mentre buona parte delle energie dei pochi che seguivano il Partito transnazionale, furono dedicate al progetto della cosiddetta Community of Democracies con l'intenzione di trasformarla in progetto politico col nome dell’Organizzazione delle e della democrazia. Una delegazione del Partito volò a Seoul immediatamente dopo il congresso di Tirana per partecipare a un incontro della Community. Il comitato ONU sulle ONG rifiutò la proposta del Partito Radicale di iscrivere l’uso di una “lingua internazionale ausiliaria” all’ordine del giorno dell’ECOSOC. Nelle fasi preparatorie del congresso del 2002 si recuperarono alcuni contatti anti-proibizionisti; tra questi, in particolare, quello del Professor Trebach frequentato ai tempi della fondazione della Lega Internazionale Antiproibizionista una decina di anni Novanta.
